Merge branch 'miled' of https://gitlab.enpc.fr/jeremy.bleyer/hierarchical-homogenization into miled

environment.yml

@@ -9,4 +9,5 @@ dependencies:
 - numpy=1.17
 - scipy=1.4
 - pip
-- pyfftw
\ No newline at end of file
+- pyfftw
+- numba
\ No newline at end of file

greenOperatorConductionNumba.py

+#!/usr/bin/env python3
+# -*- coding: utf-8 -*-
 import time
 import numpy as np
 from math import pi
@@ -36,7 +38,7 @@ def initialize_filters(N,K,n):
                     filters[i][ki][p] = (np.sin(pi*z)/(n*np.sin(pi*z/n)))**2
     return filters
 
-#La fonction initializeGreen prend en argument N, la taille de la grille/image (c'est un 'tuple' de taille d o d est la dimension. Ex : en dimension 2, pour une image 128x128, N=(128,128)) et renvoie les lments dont on a besoin pour utiliser la fonction operate_field
+#La fonction initializeGreen prend en argument N, la taille de la grille/image (c'est un 'tuple' de taille d o d est la dimension. Ex : en dimension 2, pour une image 128x128, N=(128,128)) et renvoie les lments dont on a besoin pour utiliser la fonction operate_field
 def initializeGreen(N,filter_level=2):
     d = len(N)
     numComp=d
@@ -106,7 +108,7 @@ def operate_fourier_field(x,y,tupleK,N,frequencies,filter_level,filters,tupleFil
         #do not use tuple as arguments in parallel mode -> remove tupleFIlters
         #if not enough, remove tupleK and use scalar index to flattened x,y
 
-#La fonction operate_field permet de calculer, pour un champ 'x' (qui reprsente un champ de polarisation), la dformation cre par la polarisation 'x'. C'est--dire, -Gamma(x). N est la taille de la grille/image. L'argument k0 est la conductivit du milieu de rfrence utilis pour le calcul. Les autres arguments sont ceux qui sont issus de la fonction initializeGreen
+#La fonction operate_field permet de calculer, pour un champ 'x' (qui reprsente un champ de polarisation), la dformation cre par la polarisation 'x'. C'est--dire, -Gamma(x). N est la taille de la grille/image. L'argument k0 est la conductivit du milieu de rfrence utilis pour le calcul. Les autres arguments sont ceux qui sont issus de la fonction initializeGreen
 def operate_field(x,yFourier,fft,ifft,tupleK,N,frequencies,filter_level,filters,tupleFilters,k0):
     #start = time.time()
     xFourier=fft(x)

microstructure.py

-from numba import jitclass,int16,int8,jit
+#!/usr/bin/env python3
+# -*- coding: utf-8 -*-
 import numpy as np
 
 #@jitclass
@@ -9,7 +10,6 @@ import numpy as np
 #    def get_phase(self):
 #        pass
     
-@jitclass([('a',int16)])
 class square(object):
     def __init__(self,a):
         self.a=a
@@ -20,7 +20,7 @@ class square(object):
                 return 0
         return 1
 
-#Pour crer une image, utiliser 'microstructure=booleanSpheres(centers,radii,N)' o 'centers' est un tableau avec les coordonnes des centres des sphres/disques, 'radii' est un tableau avec les rayons des sphres/disques, et 'N' est la taille de l'image (c'est un 'tuple' de taille d o d est la dimension). Puis crire 'phasemap=microstructure.phasemap'. 'phasemap' est alors un tableau de taille N, qui reprsente l'image. Le pixel vaut 1 s'il est dans la sphre, 0 sinon.
+#Pour crer une image, utiliser 'microstructure=booleanSpheres(centers,radii,N)' o 'centers' est un tableau avec les coordonnes des centres des sphres/disques, 'radii' est un tableau avec les rayons des sphres/disques, et 'N' est la taille de l'image (c'est un 'tuple' de taille d o d est la dimension). Puis crire 'phasemap=microstructure.phasemap'. 'phasemap' est alors un tableau de taille N, qui reprsente l'image. Le pixel vaut 1 s'il est dans la sphre, 0 sinon.
 class booleanSpheres(object):
     def __init__(self,centers,radii,N):
         self.centers=centers